短鎖脂肪酸は、胃や小腸で消化されにくい食物繊維やオリゴ糖などの発酵性食物繊維（ルミナコイド）を大腸に棲む腸内微生物が発酵することにより産まれます。大腸のぜん動運動やその他臓器のエネルギー源となり、様々なヒトに有用な生理作用があると言われています。